Саи Бабина мисија обухвата физичку, менталну и духовну добробит за свеукупно човечанство. У ту сврху, он је отворио медицинске установе које обезбеђују здравствену заштиту, без обзира на верску, кастинску или другу припадност, које се пружају у атмосфери љубави и мира. У овим установама, све услуге, укључујући и дијагностику, патологију, хирургију, лекове, исхрану и друго, потпуно су бесплатне. Његова иницијатива на медицинском пољу започела је са Шри Сатја Саи Општом болницом, која је отворена октобра месеца, 1956. године. Касније је отворена друга болница у Бангалору, где су до сада на хиљаде и хиљаде сиромашних пацијената осетиле добробити бесплатног лечења.
Као одговор на растућу потребу сиромашних становника села за здравственом заштитом, у септембру 1991. основао је Медицинку задужбину са задатком да подигне Супер- специјалистичке болнице које ће нудити квалитетну медицинску негу на терцијарном нивоу пацијентима којима је таква нега потребна, без обзира на њихову верску, кастинску и другу припадност.
Сада Задужбина управља двема таквим болницама:
Шри Сатја Саи Супер специјалистичка болница Прашанти Нилајама, коју је новембра 1992. свечано отворио председник Индије, са одељењима кардиологије, кардио-тораксне васкуларне хирургије, урологије и офталмологије.
Шри Сатја Саи Супер-специјалистичка болница у Бангалору, коју је јануара 2001. свечано отворио премијер Индије, са одељењима за кардио и неуро истраживања и науке.
Ови „Храмови исцељења“, Саи Бабин су поклон човечанству и израз његовог саосећања према угроженима. Међутим, оно што ове болнице чини јединственим није само задња реч технике и технологије или високо професионално особље, већ атмосфера љубави која прожима читаву болницу и омогућава оздрављење.
На међународној медицинској конференцији, одржаној септембра 2005. у Путапартију, Саи Баба је овако посаветовао све лекаре који су на њој учествовали:
„Сматрајте своје пацијенте за сопствени народ, за своје рођаке, почасне госте и блиске пријатеље. Негујте овај став без обзира на околности“.<<
